Koleksi manuskrip Perpustakaan Nasional RI berkembang dari koleksi Perpustakaan Museum Pusat yang awalnya dikembangkan dan dikelola oleh Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen, perkumpulan kaum elite intelektual yang berdiri tahun 1778 . Bagian terbesar koleksi museum tersebut merupakan berbagai jenis bahan pustaka karya bangsa Indonesia maupun asing, baik yang diterbitkan di dalam maupun luar negeri sejak abad ke-16, yang dikumpulkan berdasarkan undang-undang deposit yang dikeluarkan oleh pemerintah Hindia Belanda.

Koleksi manuskrip Perpustakaan Nasional dapat dikelompokkan ke dalam koleksi buku terjilid dan koleksi non buku. Berdasarkan sejarah atau asal usul, bahasa, jenis, dan isinya, koleksi manuskrip dikelompokkan dan diberi kode yang digunakan sebagai nomor panggil untuk kepentingan penyimpanan dan temu kembali.